Chùa được xây dựng vào thế kỷ X (năm 995), vua Lê Đại Hành đã cho xây dựng cột kinh Phật bằng đá (cột kinh Lăng Nghiêm) dâng nhà Phật để cầu quốc thái dân an, vương triều vững mạnh. Kiến trúc chùa theo kiểu chữ Đinh, hướng chính Tây với hàm ý hướng về đất Phật. Khuôn viên chính của chùa gồm có: Chính điện, Cột kinh, sân và nhà thờ Tổ…
Chính điện gồm 5 gian Tiền bái và 3 gian Thượng điện chạy dài về phía sau. Tòa Thượng điện kiến trúc kiểu trụ chung, kẻ góc, được chạm nổi rồng mây, đao mác mang phong cách chạm khắc thời Lê. Tòa Tiền bái được làm bằng gỗ, mái lợp ngói nam, hai bên đầu kìm bờ nóc có hình rồng chầu lá lật, hoa sen cách điệu với những đường nét trông mềm mại và tinh xảo mang phong cách mỹ thuật thời Nguyễn. Trong chùa có nhà thờ Tổ, nơi thờ các vị sư Tổ trụ trì có công truyền bá tư tưởng Phật giáo.
Nằm chếch về phía Tây của chùa là cột kinh Phật được tạc bằng đá có tuổi địa chất khoảng 300 triệu năm, chiều cao tới 4,16m, hình bát giác, đặt trên bệ đá xanh hình hoa sen, trên đỉnh có búp sen chớm nở bằng đá xanh. Trên 8 mặt của cột có khắc kinh “Thủ Lăng Nghiêm” có chức năng như một cuốn kinh Phật, được tạo thành bởi bàn tay tài hoa của những người thợ chạm khắc đá đương thời. Cột kinh gồm 6 bộ phận: tảng đế vuông, đế tròn, thân bát giác, thớt bát giác, đấu 8 cánh và đỉnh búp sen chớm nở, được lắp ghép vào nhau bằng mộng và ngõng tròn, hoàn toàn không có chất kết dính nhưng vẫn rất vững vàng. Trải qua bao thăng trầm của thời gian, mặc dù chùa đã được trùng tu lại nhiều lần, nhưng riêng cột kinh Phật thì vẫn nguyên vẹn trường tồn. Năm 2015, cột kinh Phật tại chùa Nhất Trụ đã được công nhận là “Bảo vật Quốc gia”, không chỉ minh chứng cho nền nghệ thuật điêu khắc đá tinh tế thể hiện tinh hoa nghệ thuật chạm khắc chữ trên đá của cha ông ta từ thuở xa xưa, mà cột kinh còn là hiện thân của một giai đoạn lịch sử ghi dấu sự thịnh trị của Phật giáo ở nước ta vào thế kỷ X. Xưa kia, cột kinh được đặt ngoài trời, nhưng những năm gần đây để bảo vệ cột kinh Phật dưới tác động của thời tiết, chính quyền và các cơ quan chức năng đã dựng nhà che bề thế kiên cố với các cột gỗ lim và lợp mái ngói âm dương, kiến trúc kiểu mái cong kiểu truyền thống.
Không chỉ là nơi truyền bá tư tưởng Phật giáo, chùa Nhất Trụ còn là nơi tu hành, họp bàn việc nước của các nhà sư ở thế kỷ X như: Pháp Thuận, Khuông Việt, Vạn Hạnh. Trong những năm kháng chiến, chùa là nơi hoạt động cách mạng, là kho lương thực, đạn dược, vũ khí chiến đấu của quân và dân Trường Yên. Đến nay, ngôi chùa vẫn nổi tiếng linh thiêng, được chăm lo hương khói, gìn giữ bảo tồn. Những dịp lễ hội lớn như: lễ Khao tống thuyền rồng (ngày 15 tháng Giêng âm lịch), lễ hội Cố đô Hoa Lư (ngày 8 tháng 3 âm lịch), lễ Lập hạ (ngày 8 tháng 4 âm lịch) chùa thu hút đông đảo nhân dân địa phương và du khách thập phương về tham quan, chiêm bái.
Nằm trong khu di tích lịch sử – văn hóa Cố đô Hoa Lư, chùa Nhất Trụ cùng với các di tích khác luôn là một điểm tham quan được du khách thập phương đến dâng hương và tế lễ. Với những giá trị văn hóa quan trọng, gắn liền với lịch sử hình thành của kinh thành Hoa Lư, chùa Nhất Trụ đã được công nhận là “Di tích cấp Quốc gia” năm 1998, cũng là niềm vinh dự và tự hào của nhân dân xã Trường Yên khi cột kinh Phật tại chùa được công nhận là “Bảo vật Quốc gia” đầu tiên của Ninh Bình.
Phòng Nghiệp vụ Nghiên cứu
Ban quản lý Quần thể danh thắng Tràng An