- Lãnh đạo Ban gồm: Giám đốc và không quá 3 Phó Giám đốc:
+ Giám đốc: Trực tiếp quản lý, điều hành theo chế độ thủ trưởng, chịu trách nhiệm trước pháp luật và trước Giám đốc Sở Du lịch về toàn bộ hoạt động của Ban;
+ Phó Giám đốc: Được Giám đốc phân công một số nhiệm vụ và chịu trách nhiệm trước pháp luật và trước Giám đốc về những nhiệm vụ được phân công; thay mặt Giám đốc khi được ủy quyền.

- Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật, quản lý, sử dụng viên chức và lao động thực hiện chế độ chính sách theo quy định hiện hành của pháp luật và theo phân cấp quản lý cán bộ của UBND tỉnh và Sở Du lịch Ninh Bình.

- Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ trực thuộc Ban gồm:
     a) Phòng Tổ chức - Hành chính;
     b) Phòng Hợp tác Đối ngoại;
     c) Phòng Nghiệp vụ Nghiên cứu;
     d) Phòng Quản lý Môi trường và Cảnh quan.

Các phòng trực thuộc chịu sự quản lý trực tiếp của Giám đốc Ban; có chức năng tham mưu giúp Giám đốc Ban thực hiện quy chế quản lý, kế hoạch quản lý di sản văn hóa và thiên nhiên thế giới Quần thể danh thắng Tràng An và các nhiệm vụ do lãnh đạo Sở Du lịch giao theo thẩm quyền.

Nhiệm vụ, quyền hạn chung của các Phòng.
1. Quản lý hành chính đối với cán bộ, viên chức và lao động, tài chính và  tài sản của Phòng được giao theo quy định hiện hành của nhà nước.
2. Tham mưu giúp lãnh đạo Ban giải quyết khiếu nại, tố cáo của tổ chức và cá nhân có liên quan đến lĩnh vực do Ban phụ trách theo quy định của pháp luật. 
3. Thực hiện cải cách hành chính, ứng dụng khoa học công nghệ trong quản lý, điều hành.
4. Thực hiện chế độ thông tin báo cáo định kỳ và đột xuất về tình hình thực hiện nhiệm vụ của Phòng được giao theo quy định.
5. Thực hiện các nhiệm vụ khác do lãnh đạo Ban giao và theo quy định của pháp luật.